Nachádza sa na pravej strane Tiberu na vŕšku, ktorý sa nazýva Vatikán. V staroveku sa nazýval Ager Vaticanus, kde počas doby republiky boli postavené letné vily. Kaligula tu postavil svoju súkromnú arénu, kde, ako aj v blízkych záhradách, zdá sa zomierali mučeníckou smrťou prví kresťania. V severnej časti arény, pri vedľajšej ceste, sa nachádzala nekropola – pohrebisko, na ktorom bol pochovaný aj svätý Peter. Medzi rokmi 324 a 326 cisár Konštantín na hrobe prvého pápeža postavil impozantnú baziliku. Tá bola neskôr zbúraná a na jej mieste vyrástla súčasná, postavená medzi XVI. a XVII. storočím.

Celé územie mestského štátu Vatikán je chránené dohovorom Den Haag zo 14. mája 1954, ktorý sa týka ochrany kultúrnych pamiatok v prípade ozbrojeného konfliktu. Týmto spôsobom je Vatikán uznaný – rovnako aj v medzinárodnom poriadku - ako morálne, kultúrne a umelecké dedičstvo, hodné rešpektu a chránené ako poklad patriaci ľudstvu. Od roku 1984 mestský štát Vatikán je zapísaný aj vo World Heritage List.

Mimo územia štátu majú štatút extrateritoriality niektoré menšie miesta na Talianskom území. Patria tu napríklad tri baziliky, Panny Márie Snežnej, svätého Jána v Lateráne a svätého Pavla za hradbami s pripojenými budovami. Ďalej niektoré budovy a rímske vily, ktoré sú sídlami pápežských dikastérií, letná pápežská rezidencia v Castel Gandolfo, vysielacie stredisko Vatikánskeho rozhlasu Santa Maria di Galeria asi 25 km od Ríma a ďalšie.