据早期文献的记载,当时的大殿装饰得金碧辉煌。在圣良教宗时(St.Leo I 440-461),大殿的正门面(facade)曾饰以彩石镶嵌画(mosaic),中殿两旁有上下两例壁画,描述旧约(右侧)和新约(左侧)故事。大殿的左侧有教宗西马克(Symmachus
498-514) 修 复的圣安德肋圆厅(rotunda).这位教宗还建了敬礼圣史若望、圣若翰洗者和圣十字架的小堂。附近还建有和诺 皇帝(Honorius)小陵墓,在八世纪後半叶被改建成圣女彼得罗尼拉(St
Petroilla)小堂,用作法兰克(Franks)王室的私人圣堂。在中殿拱壁(apse)後方,建有阿尼奇家族(anicii)的巨型陵墓。
教宗圣大额我略(St Gregory I 590-604)将司祭间地面?高了约1.5米,以便建造一个始无前例的半圆形的地窟(crypt),左右配以环状的台阶,让信徒能沿台阶下至宗徒坟墓的近旁,然後沿另一边的台阶回到上方。大殿的主祭台被置於这称为「殉道纪念间」(Confessio)的地窟之上,刚好在伯多禄陵墓的位置上。教宗若望七世(John
VII 705-707)在大殿正面面的右侧兴建了一座献予玛利亚的祈祷小堂,後於十七世纪初被玛德尔诺(Maderno)拆毁。正门面的彩色镶嵌画,原描绘基督和宗徒的生平,部分在这时期被取下,分成不同的画格,分置於罗马的希腊圣母堂(Santa
Maria in Cosmedin)祭衣间、义大利其他城市,以及俄罗斯等地。
随着撒拉森回教徒(saracens)的入侵,教宗良四世(Leo IV 847-855)沿伯多禄大殿建 起一道坚固的围墙,形成了所谓的「良教宗城」(citta'
leonina).十二世纪初,加 斯笃二世(Calistus II 1119-1124)又改建了司祭间,把它再进一步提高。不过无论怎样,他都迁就和保存了备受崇敬的圣伯多禄宗徒陵墓。另一个重要的工程是在教宗依诺森叁世(Innocent
III 1198-1216)期间进行的,他以新的彩石镶嵌画。画中基督出现在伯多禄和保禄之间,下方是十二头象徵十二宗徒的羔羊,旁边伴以当时的教宗和教会的象徵。今日只有这後两者和一只落在棕榈树上的凤凰鸟尚存,保存在罗马布拉斯基大楼(Palazzo
Braschi)的博物馆中。
教宗额我略九世(Gregory IX 1227-1241)在任期间,再重新修饰了大殿的正门面。尼古拉叁世(Nicholas III Orsini
1277-1280)修建了私人小堂,这位教宗可能还委托人画了门廊的壁画,但至今只有小部分残存。
在宗座流徙阿维尼翁(Avignon)期间,乔托(Giotto)受司提法内斯基(Stefaneschi)枢机的委托,制作了着名的「伯多禄小船」(Navicella)彩石镶嵌画,以及为主祭台绘画了叁联画屏(Polittico
Stefaneschi),後者现存於梵蒂冈博物馆的画廊中,而前者只留下了两个天使(一个现存圣伯多禄大殿,另一个在弗洛辛诺内省Frosinone的波威雷艾尔尼卡镇Boville
Ernica),而这画格在十七世纪曾彻底重修。
之後,玛尔定五世(Martin V 1417-1431)修茸了大殿的门廊;欧日纳四世(Eugenius IV 1431-1447)则委托费拉雷特(Filarete)为大殿正门铸造大铜门,工程於1445年完成。同期还制造了很多雕塑品,但至今它们或下落不明,或被另置它处,其中着名的有多纳太罗(Donatello)的圣体龛,现存於圣伯多禄大殿藏珍阁(Tesoro)中。藏珍阁还保存着本奇(Jacopo
Benci)为西斯笃四世(Sixtus IV 1471-1484)设计的陵墓;另外,大殿中仍可见到依诺森八世(Innocent VIII 1484-1492)的陵墓。
圣大额我略 (St Gregory I ) 十世纪的象牙板雕。 这位教宗在590-604年间,为大殿的修茸工程作出了决定性的贡献。
未几,这座古老大殿结构的安危越来越令人担心,教宗尼古拉五世(Nicholas V)遵照阿尔贝蒂(Leon Battista Alberti)的建议,委托罗塞 尼(Bernardo
Rossellini)负责大殿的重建工程:新大殿的蓝图呈拉丁十字形(直长横短),中央盖有一圆穹顶(Cupola)。工程开始後不久,旋於1455年停滞了近半个世纪,其间保禄二世(Paul
II)曾试图复工。罗塞 尼的工程,只是其後长期重建工程系列之始,这工程吸引了不少当时艺术界的顶级人物参与。另一个重要的重建阶段由教宗儒略二世(Julius
II 1503-1513)所推动,他将这巨大工程委托给桑加罗(Giuliano da Sangallo)所信托的建 师布拉曼特(Bramante):这工程共历时一个多世纪。布拉曼特的方案是一个呈希腊十字形(四臂相等)的大殿,中心有一个大圆穹顶,周围另有四个小圆穹顶。但是,布拉曼特於於1511年去世後,他的工作先後被拉斐尔罗(Raffaello),乔孔德(Giocondo)和桑加罗承接。这些建 师曾想重新修改设计蓝图:将希腊十字形改为拉丁十字形,以增加大殿的长度;并更进一步提升大殿的地面,以使修建梵蒂冈地窟(Grotte
Vaticane)。
圣伯多禄铜像 作者是阿诺尔福.迪.坎比奥(Arnolfo di Cambio)。
1546年桑加罗去世後,米开朗基罗接手工程,他试图尽量回复到布拉曼特的原始设计。他所作的建设,今天还能在大殿各处看到,尤其是新大殿的中殿拱壁部分。但米开朗基罗未能亲睹他所设计的巨大圆顶落成,这工程先由维尼奥拉(Vignola)接手,後於1573年由雅各伯 德拉 波尔塔(Giacomo
Della Porta)接续,最後於1593年竣工。
但是,当时的大殿还缺少其他重要部分,如大殿的正门面,是後来於1606-1614年由玛德尔诺(Carlo Maderno)建成的。玛德尔诺又在中殿两侧加建了叁个小堂。这些对大殿所作的较後期工程,大大改变了布拉曼特和米开朗基罗原先设计的较俭 风格:依照两位艺术大师的设计,大殿内原应涂以 实无华的泥灰,而不是成千上万的色彩缤纷大理石和其他华丽的装饰。玛德尔诺又在其中一个小圆穹顶下,修建了额我略十叁世(Gregory
XIII 1572-1585)小堂。又中央大圆穹顶上的彩石镶嵌装饰本来是为了迎接1600的圣年,但实际上,此装饰工程到圣年结束後才告完成。
1624年乌尔班八世(Urban VIII )委托贝尔尼尼(Bernini)计画铸造一个以四根螺旋大柱支撑的镀金铜华盖。工程於1633年完成,但教宗主持的正式祝圣礼,则是在1626年进行的。贝尔尼尼於1629年接任为圣伯多禄大殿的建 师,并为这工程辛勤了近半个世纪,精心按巴洛克风格装饰大殿内部,使它散发出丰富和活泼的色彩。他不仅创作了乌尔班八世和亚历山大七世(Alexander
VII)两位教宗的陵墓雕塑,而且还造了置於中殿拱壁的伯多禄宝座群雕,和伯多禄广场的着名柱廊(colonnade)。
圣伯多禄大殿中的「韦罗尼加」(Veronica)
「韦罗尼加置身圣伯多禄圣保禄之间」 雨果(Ugo da carpi)1525年绘圣伯多禄大殿建 维修部(Fabbrica
di S. Pietro)